„Управление качеството на водите“ е магистратура предназначена за придобиване на по-задълбочени познания в различни области на приложната екология и опазването на околната среда, като основно е акцентирано на проблемите свързани с опазване и третиране на водите.

В магистратурата ще бъдат придобити комплексни знания в различни области на приложната екология и опазване на околната среда с акцент върху водите (Химия на околната среда, Опазване на подземни води, Пречистване на промишлени отпадъчни води, Биосензори и биоиндикатори, Екотоксикология, Системи за регулиране на пречиствателните процеси, и др.). Тази специалност има за цел да усъвършенства и обогати практическите умения на магистрите-еколози, посредством което се гарантира подготовката на висококвалифицирани кадри за работа в индустрията, пречиствателните станции и в научно-изследователската сфера.